PhD Students

Current PhD Students

• Victor Epain (2020-2023)
• Long Read Genome Assembly
• Roland Faure (2021-2024)
• Assembly & Haplotyping of Complex Genomes

Former PhD Students

• Lolita Lecompte , Research Engineer, Institut Curie
• Detection of structural variants (2017-2020)
• Pham Hoang Son , Post doc, Université Catholique de Louvain
• Novel Pattern Mining Techniques for Genome-wide Association Studies, 2017
• Gaetant Benoit , Post Doc Earlham Institute
• Métagénomique comparative de novo à grande échelle, 2017
• Antoine Limasset , CNRS Researcher, Lille
• Novel approaches for the exploitation of high throughput sequencing data, 2017
• François Moreews, INRA Engineer
• Concevoir et partager des workflows d’analyse de données. Application aux traitements intensifs en bioinformatique, 2015
• Nicolas Maillet, Researcher at Pasteur Institute
• Comparaison de novo de données de séquençage issues de très grands échantillons métagénomiques : application sur le projet Tara Oceans, 2013
• Guillaume Chapuis
• Exploiting parallel features of modern computer architectures in bioinformatics : applications to genetics, structure comparison and large graph analysis, 2013
• Rayan Chiki, Pasteur Institute Researcher, Paris
• Computational Methods for de novo Assembly of Next-Generation Genome Sequencing Data, 2012
• Guillaume Rizk, Illumina company, Rennes
• Parallelization on graphic hardware: contributions to RNA folding and sequence alignment, 2011
• Mehdi Darouich, CEA researcher, Saclay
• REEFS: une architecture reconfigurable pour la stéréovision embarquée en contexte temps-réel, 2010
• Van Hoa Nguyen, Assistant Professor, An Giang University, Vietnam
• Traitement Parallèle des Comparaisons Intensives de Séquences Génomiques, 2009
• Nicolas Ventroux, CEA Researcher, Saclay
• Contrôle en ligne des systèmes multiprocesseurs hétérogènes embarqués : élaboration et validation d’une architecture, 2006
• Mathieu Giraud, CNRS Researche Director, INRIA Lille
• Architectures reconfigurables pour la recherche par automates de motifs dans les séquences génomiques, 2005
• Stéphane Guyétant, Engineer, VisonObjects Company, Nantes
• Architecture parallèle reconfigurable pour le filtrage des banques de données non structurées : application à la génomique, 2004
• Erwan Fabiani, Associate Professor, University of Brest
• Implémentation automatique de réseaux réguliers sur circuits reconfigurables, 2001
• Pascale Guerdoux-Jamet
• Mise en oeuvre de logiciels de comparaison de séquences biologiques sur des machines spécialisées systoliques. Application à l’analyse de génomes, 1997
• Marc Viellot
• Mise en oeuvre de l’operateur Gamma à l’aide de circuits logiques reconfigurables, 1996
• Roderick McConnell, Engineer, Munich
• Systèmes VLSI synchrones périodiques : modélisation et application, 1994
• Frédéric Raimbault, Associate Professor, University of Vannes
• Etude et réalisation d’un environnement de simulation parallèle pour les algorithmes systoliques, 1994